Trước khi Hasekura trở về, Nhật Bản đã thay đổi mạnh mẽ: việc loại trừ Công giáo đã được tiến hành từ năm 1614, Tokugawa Ieyasu mất năm 1616 và người con có tư tưởng bài ngoại Tokugawa Hidetada lên nối ngôi, Nhật Bản chuyển mạnh sang chính sách bế quan tỏa cảng Sakoku. Vì tin tức về những vụ hành quyết bay tới châu Âu trong thời gian phái bộ Hasekura lưu lại châu Âu, nên các vị vua châu Âu, đặc biệt là Vua Tây Ban Nha, trở nên rất miễn cưỡng khi đáp lại những lời thỉnh cầu về thương mại và truyền giáo từ Hasekura.

Tranh vẽ Giáo hoàng Phaolô V được Hasekura Tsunenaga mang về cho Date Masamune năm 1620; Bảo tàng Thành phố Sendai

Hasekura thuật lại chuyến hành trình của mình cho Date Masamune khi trở về Sendai. Sử chép rằng ông mang về một chân dung Giáo hoàng Phaolô V, một chân dung của chính ông khi đang cầu nguyện và một bộ dao găm của Indonesia và Ceylon, tất cả những vật này hiện vẫn được lưu trữ tại Bảo tàng thành phố Sendai. "Ghi chép về nhà Masamune" chép lại những lời kể của Hasekura khá cô đọng với một cái kết khó hiểu gần như giận dữ với Hasekura ("奇怪最多シ"):

“	Rokuemon đi sang các nước Nanban, ông ta thể hiện lòng tôn kính của mình đối với Vua Phaolô, ông ta ở lại đó vài năm và giờ dong thuyền quay về từ Luzon. Ông mang theo tranh vẽ Vua của người Nanban, một bức tranh vẽ chính mình. Nhiều bản miên tả về các quốc gia Nanban và ý nghĩa những lời tuyên bố của Rokuemon thật bất ngờ và phi thường.	”
— Ghi chép của nhà Masamune[36]

Cấm đạo Công giáo tại phiên Sendai

Hai ngày sau khi Hasekura trở về, đạoCông giáo bị cấm tại phiên Sendai:

Hai ngày sau khi Rokuemon trở về phiên Sendai, sắc chỉ ba điểm về Công giáo được tuyên cáo: thứ nhất, tất cả những người Công giáo đều phải từ bỏ đức tin của mình theo chiếu chỉ của Shōgun, những ai bất tuân sẽ bị lưu đày nếu là quý tộc và xử tử nếu là thường dân, nông dân hay nô bộc. Thứ hai, ban thưởng cho những ai tố giác người bí mật theo đạo Công giáo. Thứ ba, các nhà truyền đạo Công giáo phải rời khỏi Sendai hoặc từ bỏ đức tin của mình. - Thư tháng 11/1620 của Cha Angels, văn khố về Nhật Bản và Trung Quốc của dòng Tên tại Rôma, trích tác phẩm "Hasekura Tsunenaga" của Gonoi, tr. 231

Những gì Hasekura đã nói hoặc đã làm để mang tới điều này vẫn còn chưa ai biết. Những sự kiện tiếp sau đó cho thấy có vẻ như ông và gia quyến vẫn trung thành với Công giáo. Ông đã có những ghi chép đầy hứng khởi về sự vĩ đại và hùng mạnh của các quốc gia phương Tây và Công giáo. Ông có thể cũng đã ủng hộ cho một liên minh giữa Nhà thờ và Date Masamune để giành quyền kiểm soát toàn bộ nước Nhật (một ý tưởng được các thầy tu dòng Phanxicô nêu lên tại Rôma). Cuối cùng, hy vọng về thương mại với Tây Ban Nha cũng tiêu tan khi Hasekura thông báo rằng Vua Tây Ban Nha sẽ không thỏa hiệp chừng nào việc đàn áp còn diễn ra trên khắp đất nước.

Date Masamune, cho đến nay vẫn rất khoan dung với Công giáo bất chấp lệnh cấm của chính quyền Mạc phủ tại những vùng đất họ trực tiếp kiểm soát, do đó đã bất ngờ lánh xa niềm tin Tây phương. Vụ hành quyết những người Công giáo đầu tiên diễn ra sau đó 40 ngày. Các biện pháp chống đạo Date Masamune tiến hành vẫn tương đối nhẹ tay, và những người Công giáo Nhật Bản và Tây Âu cho rằng ông làm vậy chỉ để làm vừa lòng Tướng quân Shōgun:

Date Masumune, quá sợ hãi Shōgun, ra lệnh đàn áp Công giáo trong lãnh địa của mình và tạo ra vài thánh tử đạo. (Thư của 17 người Công giáo Nhật Bản tiêu biểu gửi Giáo hoàng từ Sendai, ngày 29 tháng 11 năm 1621).[37]

Một tháng sau khi Hasekura trở về, Date Masamune viết một bức thư gửi Shōgun Tokugawa Hidetada, trong đó ông cố hết sức tránh né trách nhiệm của mình đối với sứ bộ này, giải thích chi tiết vì sao nó được thành lập với sự phê chuẩn, thậm chí là giúp đỡ của chính Tướng quân Shōgun:

“	Khi thần gửi một con tàu tới các nước Nanban vài năm trước theo lời khuyên của Mukai Shogen, thần cũng cử theo một người Nanban tên gọi Sotelo đã sống ở Edo được vài năm. Khi ấy, Tướng quân cũng thảo một bức thư gửi người Nanban cùng quà, ví dụ như quạt và các bộ áo giáp.	”
— 18 tháng 10 năm 1620, trích từ sách của Gonoi, tr. 234.

Tây Ban Nha đến khi ấy là cường quốc mà Nhật Bản lo ngại nhất (với một thuộc địa và quân đội ở ngay Philippines). Hasekura đã tận mắt chứng kiến sức mạnh của Tây Ban Nha và các biện pháp thực dân của họ tại Tân Tây Ban Nha (Mexico) có lẽ đã khiến Shōgun Tokugawa Hidetada quyết định cắt đứt quan hệ thương mại với Tây Ban Nha năm 1623 và quan hệ ngoại giao năm 1624, mặc dù các sự kiện khác như việc các tu sĩ Tây Ban Nha đột nhập vào Nhật Bản và một sứ bộ thất bại của Tây Ban Nha cũng có thể ảnh hưởng tới quyết định này.

Qua đời

Những gì xảy ra sau đó với Hasekura chưa được biết tới và có rất nhiều thuyết về những năm tháng cuối đời của ông. Các nhà bình luận Công giáo đương đại chỉ có thể dựa vào các lời đồn, một số cho rằng ông đã từ bỏ Công giáo, một số cho rằng ông đã tử vì đạo còn số khác lại nghĩ ông bí mật đi theo Công giáo giáo. Số phận của gia quyến và nô bộc của ông (sau này bị xử tử vì theo Công giáo) cho thấy Hasekura có thể vẫn rất mộ đạo và truyền đức tin này cho gia đình mình.

Ngôi mộ Phật giáo của Hasekura Tsunenaga, ngày nay vẫn có thể tới thăm tại Enfukuji, Enchōzan, Miyagi

Sotelo, trở về Nhật Bản nhưng bị bắt và cuối cùng bị thiêu sống năm 1624, viết lại trước khi bị xử tử rằng Hasekura trở về Nhật Bản như một vị anh hùng đã truyền bá đức tin Công giáo:

“	Người đi cùng tôi, sứ thần Philippus Faxecura, sau khi trở về với vị vua đã nói tới ở trên (Date Masamune), được Thánh thượng tuyên dương trọng thể và được đưa tới cung điện để nghỉ ngơi sau một hành trình dài mệt mỏi. Ở đây ông giúp vợ, con, nô bộc và nhiều thuộc hạ của mình cải sang đạo Công giáo. Ông cũng khuyên những quý tộc thân thiết với mình cải đạo và họ đã nghe theo. Sau một năm dài làm những công việc ngoan đạo, ông qua đời để lại cho con cháu di sản đặc biệt trong dinh thực của mình đó là tài liệu về đức tin và việc bảo vệ Công giáo trong Vương quốc của mình. Thánh thượng và các quý tộc rất buồn khi ông qua đời, đặc biệt là những người theo Công giáo, những người biết rất rõ đạo đức và sự mộ đạo của người đàn ông này. Đó là điều tôi thấy từ thư của rất nhiều nhà tu hành đã được ông làm lễ ban phước và đã ở cũng những người khác ở bên ông khi ông qua đời.	”
— Luis Sotelo, De ecclesiae Iaponicae statu relatio.[38]

Hasekura Tsunenaga cũng mang về Nhật Bản nhiều đồ tạo tác của Công giáo nhưng ông không đem nộp lại cho lãnh chúa Daimyō và giữ lại trong dinh thự.

Hasekura Tsunenaga qua đời vì bệnh (theo các tài liệu Nhật Bản và Công giáo) vào năm 1622, nhưng nơi chôn cất vẫn chưa biết chắc. Có ba ngôi mộ được cho là của Hasekura. Ngôi mộ thứ nhất nằm tại chùa Enfukuji (円長山円福寺) in Miyagi. Ngôi mộ thứ hai được đánh dấu rõ ràng (cùng với một đài tưởng niệm Cha Sotelo) trong nghĩa trang của một ngôi chùa tại Kitayama.

Gia quyến và nô bộc bị hành hình

Thập giá và huy hiệu thu được tại dinh thự Hasekura năm 1640

Hasekura có một con trai tên gọi Rokuemon Tsuneyori. Hai người hầu của ông, Yogoemon (与五右衛門, ``Dư Ngũ Hữu Vệ Môn``) và vợ ông bị kết tội theo Công giáo nhưng không từ bỏ đức tin dù bị tra tấn (treo ngược, còn gọi là "Tsurushi", 釣殺し) và do đo qua đời vào tháng 8 năm 1637 (người theo đạo Công giáo được tha mạng nếu bỏ đạo, họ bị hành hình nhanh như vậy chứng tỏ họ từ chối bỏ đạo). Năm 1637, chính Rokuemon Tsuneyori cũng bị nghi là theo đạo Công giáo sau khi bị một số người từ Edo tố cáo nhưng thoát khỏi bị tra hỏi vì ông là người cai quản một ngôi chùa Thiền tông tại Komyoji (光明寺). Năm 1640, hai nô bộc khác của Tsuneyori là Tarozaemon (太郎左衛門, 71 tuổi), đã theo Hasekura tới thành Rôma, và vợ ông (59 tuổi), bị kết tội theo Công giáo nhưng từ chối bỏ đạo và bị tra tấn cho tới chết. Tsuneyori cũng bị quy trách nhiệm và bị chặt đầu cùng ngày hôm đó ở tuổi 42 với lý do đã không tố giác người theo Công giáo, dù vậy, vẫn chưa biết chắc được rằng liệu ông có phải người Công giáo hay không.[39] Hai thầy tu Công giáo thuộc dòng Dominique là Pedro Vazquez và Joan Bautista Paulo đã khai ra tên của ông khi bị tra tấn. Em trai của Tsuneyori là Tsunemichi cũng bị kết tội theo đạo Công giáo nhưng trốn thoát được và từ đó biến mất.

Đặc quyền của nhà Hasekura cũng vì thế mà bị lãnh địa Sendai tước bỏ, tài sản và đất đai của họ bị tịch thu (thái ấp của ông mang lại giá trị khoảng 600 thạch (koku) mỗi năm). Đến năm 1640, các vật phẩm Công giáo của họ bị tịch thu và bị giữ lại tại Sendai cho đến khi chúng được tìm lại vào cuối thế kỷ 19.

Tính chung, khoảng 50 vật phẩm Công giáo được tim thấy tại dinh thự nhà Hasekura vào năm 1640, ví dụ như thập giá, tràng hạt, tranh và áo tôn giáo. Các đồ tạo tác này bị tịch thu và giữ lại tại thái ấp của Date. Một bản kiểm kê năm 1840 ghi rằng những đồ vật này thuộc về Hasekura Tsunaga. 19 cuốn sách cũng đề cập tới số đồ vật này nhưng chúng đã bị mất. Các đồ vật đó hiện nay vẫn được lưu giữ tại Bảo tàng thành phố Sendai và các bảo táng khác tại Sendai.